1. Construcción de una nave en el taller de carpintería de carruajes. –Incluye: Presupuesto; Nota de la madera necesaria para la continuación del taller de carruajes; Planos del taller con disposición general (Escala 1:500) talleres generales (1:100), perfil y fachada. (1873 agosto 4/ 1873 diciembre 9)
2. Construcción de una anaquelería en la Contabilidad general. –Incluye: Nota del corte de la anaquelería para el archivo de la contabilidad general. (1874 mayo 22/ 1874 agosto 20)
3. Modificación de algunas dependencias de la estación (oficinas de consumos y depósitos, de guardia, de inspección del Gobierno). –Incluye: Presupuestos. (1874 mayo 20/ 1874 agosto 13)
4. Suspensión de obras de la casa calle Sur nº51-53. (1874 noviembre 14)
5. Arreglo del techo del almacén de tierra y arena de fundición. (1880 febrero 19/ 1880 mayo 22). –Incluye: Presupuestos; Planos de sección, elevación y planta (Escala 1:100). (1875 julio 27/ 1880 abril 30)
6. Tramitación del presupuesto para la construcción del muelle de embarque. (1875 agosto 31/1875 septiembre 14)
7. Reparación de almacén. (1876 diciembre 6/1876 diciembre 10)
8. Proyecto aprobado de convenio con la División General de Correos y telégrafos para construir en terreno de la Compañía una caseta para el empalme de los cables telegráficos subterráneos. –Incluye: borrador del convenio proyectado. (1876 diciembre 30/1877 enero 4)
9. Construcción de un local para los empleados de aduanas situado cerca de los muelles. –Incluye: Presupuestos; Planos (1877 enero 29/ 1877agosto 30)
10. Arreglo de retrete del Despacho Central. (1877 febrero 3/ 1877 febrero 12).
11. Supresión de dos ventanas del edificio del taller del telégrafo reemplazándolas por dos claraboyas. –Incluye: Presupuesto (1877 febrero 6/ 1877 febrero 9)
12. Proyecto de construcción de una anaquelería en la Contabilidad General. (1877 abril 5/ 1877 julio 9)
13. Reparación de estufas del Servicio de Movimiento, Tráfico y Tracción. (1877 mayo 5/ 1877 octubre 12)
14. Arreglo del muro del taller de pintura de la estación. –Incluye: Presupuestos; plano de estructura del tejado. (1877 mayo 8/ 1877 octubre 29)
15. Arreglo de la casilla de madera del capataz encargado del almacén. (1877 junio 27/ 1877 julio 6)
16. Colocación de cristales, alambreras y reparación de puertas y cerraduras del almacén central.(1877 julio 11/ 1877 octubre 9)
17. Blanqueo del pasillo y escalera de las habitaciones del subinspector y subjefe del Depósito de la estación. (1877 agosto 31/ 1877 septiembre 11)
18. Arreglo del almacén de impresos. (1877 noviembre 27)
19. Reparación de los fosos del taller de calderería y del foso número 7 del taller de armar . –Incluye: plano. (1878 febrero 15/ 1878 junio 12)
20. Establecimiento de un local para el servicio de Movimiento. –Incluye: plano general (Escala 1:500) de almacén, y taller del telégrafo (Escala 1:100) (1878 abril 9/ 1878 agosto 6)
21. Reforma del edificio destinado a oficinas del Servicio de Material y Tracción. (1878 marzo 6/ 1878 octubre 21)
22. Construcción de casilla con destino a farolelería de la Compañía Ferrocarril del Tajo en la estación. (1878 julio 13/ 1878 julio 16)
23. Establecimiento de algunas oficinas para servicio de la Contabilidad de Tracción en el cocherón del tren Real en la estación. (1878 julio 18/ 1878 septiembre 4)
24. Arreglo de cajón de los fondos en el despacho de medios billetes en la estación. (1878 julio 22)
25. Colocación de persiana en la ventana de la factoría del Norte en la estación. (1878 julio 22)
26. Reparación la cubierta de andén de salida para los viajeros de la línea de Zaragoza. –Incluye: Presupuesto. (1878 julio 24/ 1878 septiembre 7)
27. Oficio tramitando el blanqueo de 5 piezas de la habitación interior del subjefe del depósito. (1878 agosto 6)
28. Arreglo de puertas de talleres de Calderería y Hornos. (1878 agosto 6/ 1878 agosto 21)
29. Oficio tramitando la colocación de vallas en el quiosco del vestíbulo de salida de la estación para venta de billetes especiales con motivo de las ferias de Alcalá. (1878 agosto 19)
30. Oficio tramitando el arreglo de hornilla y colocación de azulejos en el fogón de la casa del señor Martin Jefe del Depósito. ( 1878 agosto 22)
31. Oficio tramitando la colocación de cerradura en la puerta exterior de la oficina de Inspección del Gobierno en la estación. (1878 agosto 28)
32. Reparación del depósito de agua de la Campanilla. (1878 septiembre 11/ 1878 septiembre 19)
33. Proyecto de ensanche de la carretera de Valencia y expropiaciones necesarias. –Incluye: plano formado por el Ayuntamiento de Madrid (Escala 1:1000). (1878 septiembre 30/ 1878 mayo 1)
34. Oficio tramitando el arreglo de persianas y colocación de cristal en la oficina del tráfico. (1878 octubre 5)
35. Oficio tramitando el envío de litografías del plano general de la estación al servicio de Tracción. (1878 octubre 29/ 1878 octubre 30)
36. Reparación en la casilla de la báscula que ocupa el factor señor Martínez y colocación de los cristales que faltan en las dependencias de pequeña velocidad de la estación. (1878 noviembre 5/ 1878 noviembre 7)
37. Construcción de mampara para las oficinas de la Contabilidad General. (1878 noviembre 27)
38. Reparación de la tapia que hay frente a la salida de los talleres. (1878 diciembre 21/ 1878 diciembre 27)
39. Reforma en las oficinas de delineación de servicio de Tracción y Material. (1878 abril 19/ 1878 abril 24)
40. Arreglo de una de las oficinas de almacén y colocación de biombo en la oficina del jefe de Contabilidad. (1879 mayo 7/ 1879 julio 23).
41. Reforma de entarimado del almacén central de la estación. (1879 mayo 28/ 1879 junio 7)
42. Colocación de una máquina litográfica en taller del telégrafo. (1879 junio 20/1879 julio 10)
43. Ensanche del taller de lampistería (1879 julio 12/ 1879 julio 29).
44. Revoque y pintado de la fachada del patio y las puertas del nuevo edificio de administración. (1879 julio 14/ 1879 septiembre 13)
45. Supresión de retretes del economato y construcción de otros junto al depósito de máquinas. (1879 julio 22/1879 agosto 21)
46. Arreglo de casilla en la báscula de carros. (1879 agosto 28/ 1879 agosto 29)
47. Arreglo de factoría de gran velocidad de la llegada a la estación. (1879 septiembre 17/ 1879 octubre 2)
48. Arreglo de entrada a las cocheras de la estación. –Incluye: plano. (1879 septiembre 24)
49. Construcción de retrete y arreglo del porche del fielato de consumos. (1879 octubre 4).
50. Arreglo de fachada de oficinas del servicio de Tracción. (1879 octubre 18/ 1879 noviembre 6)
51. Reparación de la casilla de los caloríferos. (1879 octubre 18/ 1879 octubre 21)
52. Arreglos de la cubierta del taller de pintura. (1879 octubre 30/ 1879 noviembre 3)
53. Establecimiento de estantería y arreglos necesarios en la cochera pequeña y una parte de la grande para colocar los encargos de Navidad. (1879 diciembre 13)
54. Proposiciones para comprar maderas viejas del cobertizo de la fundición de hierro de los talleres. Ofrecen Gregorio Cellán, Vicente Hidalgo, Benigno González, Agapito Giménez, José Alcolea (1880 enero 19/ 1880 junio 23)
55. Colocación de los maderos en el patio de las oficinas de pequeña velocidad y establecimiento de un urinario en el edificio de la administración. –Incluye: Presupuesto; Planos de los muelles (Escala 1:500). (1880 febrero 7/ 1880 abril 10)
56. Reparación de los muros exteriores de los talleres generales y de la cochera de máquinas. (1880 abril 27/ 1880 mayo 1)
57. Obras en el taller de telegrafía. –Incluye: presupuestos (1880 octubre 20/ 1880 octubre 28)
58. Proyecto de calefacción del almacén de aceite. –Incluye: presupuesto. (1880 noviembre 13/ 1881 marzo 3)
59. Concesión de gratificación a trabajadores por el Incendio en el almacén de aceite. Relación de trabajadores: Francisco Molina, Bernardo Yanzano, José Leirado, Francisco Calveche, Paulino Huertas, Antonio Suarez, José Moreno, Enrique de la Cruz, Matías Calatayud, Antonio Martínez, Antonio Amar, Miguel de Cabo, Joaquín Díaz (1880 noviembre 27/ 1880 diciembre 7)
60. Pedido de planchas de plomo a los señores Bonaplata para limas y tragaluces de la cochera de máquinas. (1880 noviembre 30/ 1880 diciembre 2)
61. Incendio del techo del taller del depósito. –Incluye: actas (1880 diciembre 29/ 1881 enero 10)
62. Reparaciones en las dependencias del Servicio de Almacenes del Economato. (1881 agosto 23/ 1881 diciembre 12)
63. Construcción de casilla de fábrica que sirva de estación telegráfica. –Incluye: plano (Escala 1:500) y circular (1881 mayo 19/1881 septiembre 10)

1. Tren especial de ganado de las Reales Caballerizas
2. Tren especial de Madrid a Alicante y regreso conduciendo a S.M. el rey y otras reales
   Incluye: carteles-aviso

1. Pedido a la Sociedad Altos Hornos de Bilbao de los aceros necesarios para la construcción de la nueva estación. (1890 junio 17/1890 julio 14)
2. Contrato con los señores Agustín Gil, Juan de Dios Santiago Bello y Compañía para el suministro de 5 millones de ladrillos de "Rivera" la construcción de la nueva estación. (1890 marzo 4/1890 noviembre 18)
3. Fabricación y colocación de las verjas y puertas de hierro de la nueva estación adjudicada a Julian Primetti. (1890 marzo 26/1890 octubre 10)
4. Autorización para incluir en la contabilidad de junio de la compañía la suma de 1.223 pesetas correspondiente a los jornales invertidos por los canteros de Nemesio Landaburu en la labra de piedra destinada al zócalo de la verja de la nueva estación. (1890 junio 18/1890 julio 3)
5. Aumento a mil pesetas del fondo permanente en poder del Jefe de la Sección correspondiente destinado para los pagos de urgencia originados en la construcción de la nueva estación. (1890 junio 20/1891 marzo 5)
6. Traslado de la fonda de la estación a otra provisional. (1890 junio 21)
7. Cierre de la nueva estación en la parte que confronta con la Puerta de Atocha, para lo cual se ha contratado con Nemesio de Landaburu el suministro y labrado de la sillería de Novelda necesaria para dicho cierre. (1890 junio 25/1890 julio 25)
8. Adjudicación a Juan Isasi de las obras de labra y asiento de la cornisa para las casillas destinadas a porterías de la nueva estación. (1890 junio 25/1890 julio 17)
9. Establecimiento de tres bocas de riego en la nueva carretera de mercancías. (1890 junio 26/1890 junio 27)
10. Solicitud de devolución de los planos adjuntados en las proposiciones de precios de los proveedores que han intervenido para la adjudicación de la carpintería metálica de la nueva estación, y solicitud por parte de la Societé Anonyme de Construction et des Ateliers de Willebroeck, adjudicataria definitivo de las obras antes mencionadas, de la descarga de unos vagones con las maderas destinadas para el andamiaje de la nueva estación. (1890 julio 1/1890 septiembre 24)
11. Construcción de un muelle para embarque de ganados y carruajes en sustitución del viejo, y ampliación del muelle de Pequeña Velocidad para ganados. (1890 julio 7/1890 julio 10)
12. Suministro de arena para las obras de la nueva estación. (1890 julio 14/1890 julio 22)
13. Despachos provisionales de equipajes en la antigua fonda y andén de la estación. (1890 julio 18)
14. Abono de 542,90 pesetas a contratista Venancio Bengoechea por los gastos derivados del estudio, suministros y fabricación de ladrillos para la nueva estación. (1890 julio 19/1890 julio 21)
15. Modificación en la colocación del reloj y plazos para el andamiaje y montaje de la armadura metálica de la nueva estación, encargados a la Societé Anonyme de Construction et des Ateliers de Willebroeck. (1890 julio 22/1890 julio 28)
16. Proposiciones presentados por los señores Nemesio Landaburu y Juan Isasi para la adjudicación del suministro, labra y colocación de la piedra berroqueña necesaria para las escaleras de los pabellones de la nueva estación. (1890 julio 22/1890 agosto 1)
17. Construcción con piedra de Santa Cruz de Mudela del muro de la calle Pacífico. (1890 julio 26/1890 agosto 1)
18. Solicitud de Isidro Gómez para que la autorización que tiene de verter tierras en el terraplén de la nueva estación se extienda a la explanación de los terrenos que la Compañía posee al lado izquierdo de la vía de Zaragoza, en las inmediaciones del puente de la Abadía y de la calle Pacífico. (1890 julio 28/1890 agosto 9)
19. Relación de las piezas de barro cocido que deben reemplazarse por haberse roto durante el viaje y en su carga y descarga, y de las piezas complementarias que deben adquirirse por haberse modificado del ancho de las puertas. (1890 agosto 1)
20. Cambio de situación de los postes telegráficos que existen próximos a la escalera de bajada a los talleres. (1890 septiembre 2)
21. Construcción de las escaleras para los pabellones de la nueva estación. (1890 septiembre 15/1890 noviembre 11)
22. Reparación del muelle de ganados. (1890 septiembre 23)
23. Propuesta de venta a la Compañía por parte de Carmen Martínez, vecina de Madrid, de los utensilios de asfaltar de su fabrica La Española. (1890 septiembre 23)
24. Nota de remisión de la descripción, cálculos y planos de la armadura de la nave central de la estación. (1890 octubre 29)
25. Detención del vagón Gb 314 cargado con un cangrejo o puente transbordador en la estación. (1890 noviembre 22/1890 diciembre 5)
26. Hurto de plomo en el tejado de la cochera de carruajes de la estación. (1890 diciembre 10/1890 diciembre 17)
27. Suministro de ladrillos por los Sres Anselmo y Martín Carretero de la fábrica de Segovia La Innovadora. (1890 diciembre 24/1891 mayo 4)
28. Proyecto de cierre con muro y puerta de hierro de un paso establecido en la calle Pacífico entre el tercer edificio de oficinas y las casas de Mata, dentro de los terrenos de la Compañía. - Incluye: Plano. (1891 enero 3/1890 diciembre 20)
29. Construcción de la cubierta de la nave central de la nueva estación. (1891 enero 24/1891 agosto 6)
30. Marquesinas de los cuerpos bajos de la nueva estación. (1891 febrero 5/1891 febrero 6)
31. Huelga de los operarios del montaje de la nave central de la nueva estación el 3 de febrero de 1891. (1891 febrero 4)
32. Accidente laboral de José Otero Alonso durante la excavación de los fosos para los cimientos de la nueva estación. (1891 marzo 14/1891 marzo 23)
33. Proyecto de modificación de las rasantes de la Glorieta de Atocha propuesta por el Sr. Vicente Rodríguez Intilini. (1891 marzo 20/1892 marzo 16)
34. Cierre con una puerta y una verja de hierro forjado de la escalera de acceso a las terrazas de los edificios para oficinas. (1891 marzo 20/1891 abril 15)
35. Escape de un cangrejo de la vía de construcción detrás del depósito de máquinas hasta el cambio nº 13 donde descarrilló el 29 de marzo de 1891, multándose a los operarios responsables con dos días de trabajo. (1891 abril 2/1891 marzo 31)
36. Abono de cinco horas en lugar de siete por la máquina nº 603 por el empleo de dicha máquina en las maniobras de construcción de la nueva de estación el día 11 de abril. (1891 abril 13/1891 abril 27)
37. Solicitud de un certificado del médico que realizó la primera cura al cantero Carlos Fraile Mengual que trabajaba en las obras de la nueva estación, para que éste último pueda solicitar una plaza de ordenanza en el Obrero Español. (1891 junio 12)
38. Rebaje de las vías 16 y 17 de la estación para poder colocar los nuevos aparatos de cambios. (1891 junio 13/1891 junio 15)
39. Accidente del operario de montaje Francisco Peláez el día 11 de junio de 1891 mientras trabajaba en las obras de la nueva estación. (1891 junio 15/1891 junio 16)
40. Levantamiento de vías necesarios para la modificación de rasantes a la entrada de la nueva estación. - Incluye: Perfil longitudinal de la modificación de rasantes de las líneas de Zaragoza, Alicante y Norte a la entrada de la estación de Madrid - Atocha. (1891 junio 15/1891 junio 23)
41. Servicio prestado por los vagones Gr. 406 y 945 y Gt. 1205. (1891 junio 19/1891 junio 26)
42. Accidente de los operarios José González y Gildo Fernández el día 20 de junio de 1891 mientras trabajaba en las obras de la nueva estación. (1891 junio 15/1891 junio 16)
43. Habilitación de un paso a los talleres generales. (1891 agosto 11/1891 agosto 14)
44. Accidente del operario Luis Mantecon el día 20 de junio de 1891 mientras trabajaba en las obras de la nueva estación. (1891 septiembre 22)
45. Colocación del trozo de vía que falta en el departamento del Tren Real del cocherón de carruajes, y de cerraduras en las puertas del destinado para los salones y coches de lujo. (1891 diciembre 3/1891 diciembre 26)

Pendiente de completar