1. Adjudicación de las obras de Barcelona - Término. - Incluye: Contrato con precios unitarios. (1923 junio 16)
2. Adjudicación de construcción de un economato en La Barceloneta. - Incluye: Contrato con precios unitarios. (1923 agosto 6)
3. Adjudicación de la renovación de vía entre los km 183,898 (estación de Sils) y 189,012 (estación de Caldas) y los km 189,706 (estación de Caldas) y 195,343 (estación de Riudellots). - Incluye: Contrato. (1923 diciembre 20)
4. Adjudicación de las obras de reforma de las estaciones de Sils y Caldas. - Incluye: Alzado y planta de la estación de Fornells (escala 1:100) (32 x 107 cm) ; alzado y planta de la estación de Caldas (escala 1:100) (32 x 147 cm) ; alzado y planta de la estación de Ruidellots (escala 1:100) (32 x 54 cm) ; alzado y planta de la estación de Sils (escala 1:100) (32 x 138 cm) ; alzado y planta de una estación (34 x 170 cm) ; contratos de adjudicación. (1923 julio 23/1923 octubre 10)
5. Construcción del ala norte de la estación de Barcelona - Término. - Incluye: Presupuestos y proyecto de contrato. (1923 noviembre 4/1923 diciembre 6)
6. Adjudicaciones a Fomento de Obras y Construcciones, S.A. en 1924. - Contiene: Nota manuscrita que indica su entrega [nunca retornó la documentación entregada]. (1924 --/1943 septiembre 8)

1. Reclamación por perjuicios, presentada por Andrés Cerdán. (1863 abril 1)
2. Limpieza de acequias, solicitada por el Ayuntamiento. (1863 abril 6/1863 julio 15)
3. Reclamación del pago de expropiaciones, presentada por Manuel Ibáñez. (1863 noviembre 28/1864 enero 11)
4. Arreglo de la escollera del puente, km 213 de la línea. (1864 septiembre 21/1864 septiembre 22)
5. Proyecto de un camino entre la estación y el pueblo. (1865 junio 12/1869 junio 22)
6. Construcción de un camino entre el pueblo y la estación. (1865 julio 6/1866 abril 19)
7. Reclamación por perjuicios, presentada por Ramón Sigüenza. (1865 agosto 23)
8. Solicitud de construcción de dos estribos de mampostería en el km 211. (1866 mayo 9)
9. Limpieza del barranco de las Albercas, solicitada por Juan Lorenzo y otros propietarios. (1867 enero 4)
10. Reclamación de abono de terrenos presentada por Joaquín Moreno. (1867 enero 4)
11. Reclamación de perjuicios, presentada por Rafael Ibáñez. (1868 enero 3/1868 febrero 14)
12. Construcción de canales de riego, solicitada por el Ayuntamiento. (1871 marzo 1/1871 marro 22)
13. Limpieza de acequias, solicitada por la Junta de Alfarda. (1872 febrero 12/1878 febrero 24)
14. Limpieza del barranco de las Albercas, solicitada por el Ayuntamiento. (1872 noviembre 4/1877 diciembre 10)
15. Reclamación de perjuicios, presentada por Tomás Velilla y Carlos Frax. (1874 octubre 22/1874 octubre 23)
16. Reclamación de perjuicios presentada por Juan Lorenzo Ponzancos. (1874 diciembre 19/1875 enero 26)
17. Reclamación de perjuicios presentada por Joaquín Sigüenza Ibarra. (1876 septiembre 18/1876 octubre 27)
18. Reclamación de perjuicios, presentada por Juan Lorenzo Ponzancos. (1876 septiembre 18/1876 septiembre 23)
19. Limpieza del barranco de los Morales, solicitada por el Ayuntamiento. (1877 marzo 19/1877 abril 21)
20. Relación de cantidades pagadas al Ayuntamiento de Cetina en concepto de expropiaciones. (1877 mayo 28/1877 mayo 29)
21. Proyecto de establecimiento de una tajea, solicitada por el Ayuntamiento. (1878 abril 22/1879 enero 16)
22. Autorización para construir un cobertizo, solicitada por Luis Serón. (1879 julio 28/1879 septiembre 13)
23. Limpieza de cunetas, km 215, solicitada por Clemente Boli. (1879 noviembre 14/1880 febrero 13)
24. Autorización para construir un edificio en terreno próximo a la estación, solicitada por Luis Serón y Navarro. (1880 junio 2/1880 junio 3)
25. Reclamación por perjuicios, presentada por Fabián Velázquez. (1880 octubre 7/1880 diciembre 31)
26. Autorización de riego para su finca solicitada por Andrés Cerdán. (1881 mayo 10/1881 mayo 22)
27. Autorización para construir un camino de entrada al muelle de la estación, solicitada por Luis Almech. (1882 enero 7/1882 mayo 24)
28. Autorización para depositar tierras en los pasos de la vía, solicitada por el Sindicato de riegos del río Jalón. (1887 marzo 18/1917 febrero 17)
29. Limpieza de grava en el km 213, solicitada por Manuel Hernández. (1888 julio 5/1888 julio 26)
30. Obras de limpieza en el término municipal, solicitadas por el Ayuntamiento. (1888 agosto 17/1888 septiembre 26)
31. Autorización para plantar árboles solicitada por la Marquesa de Eguarás. (1889 febrero 14/1889 abril 1)
32. Obras en la estación para dar vivienda al Guardagujas. (1890 abril 21/1890 mayo 22)
33. Autorización para hacer obras y plantar árboles en terrenos próximos a la estación, solicitada por Mariano Serón Navarro. (1892 enero 20/1894 abril 30)
34. Limpieza de cunetones, solicitada por la Junta de Alfarda de Cetina y el Ayuntamiento. (1893 marzo 10/1909 mayo 13)
35. Prolongación del andén de la estación. (1895 julio 1/1895 julio 3)
36. Reclamación de daños en el km 213, presentada por Manuel Hernández y dos vecinos. (1895 octubre 9/1895 noviembre 8)
37. Limpieza del barranco de Valdelacelada, solicitada por Francisco Ibáñez. (1896 abril 27/1896 junio 6)
38. Obras entre los km 211 y 212, solicitadas por varios vecinos. (1898 febrero 24/1898 Abril 15)
39. Proyecto de rebaje del encanchado del pontón, km 212,518, solicitado por la Comunidad de Regantes del Jalón. (1898 junio 20/1900 abril 14)
40. Instalación de una báscula en la estación. (1899 diciembre 29/1901 junio 10)
41. Compra del prado, en el km 213, solicitado por Antonio Marco López. (1900 diciembre 26/1901 enero 14)
42. Levantamiento del puente del km 212, solicitado por la Comunidad de Regantes de Cetina. (1903 marzo 28/1903 abril 15)
43. Reparación del pontón de traviesas, solicitada por el Ayuntamiento. (1903 septiembre 20/1903 octubre 14)
44. Limpieza de carretones, solicitada por León Alcalde. (1904 mayo 10/1904 mayo 25)
45. Reclamación por daños presentada por Francisco Ibáñez. (1904 octubre 5/1904 octubre 15)
46. Proyecto de modificación de vías solicitado por el Ayuntamiento. (1906 octubre 16/1917 agosto 7)
47. Reparación del camino que conduce desde la estación al pueblo, solicitada por el Ayuntamiento. (1908 marzo 21/1908 abril 6)
48. Arreglo del camino lateral, entre los km 213,334 y 214,820, solicitado por el Ayuntamiento. (1911 agosto 15/1911 septiembre 23)
49. Contrato entre la Compañía y la Sociedad Anónima La Hidroeléctrica del Mesa. (1911 agosto 21)
50. Autorización para plantar árboles en terrenos de la Compañía, solicitada por Pedro Ibáñez Polo. (1911 diciembre 4/1912 enero 24)
51. Autorización para plantar árboles, cerca de la estación, solicitada por Pedro Pérez Carretero. (1912 enero 16/1912 febrero 8)
52. Solicitud de nuevo paso a nivel, presentada por el Ayuntamiento. (1912 diciembre 10/1912 diciembre 27)
53. Solicitud de cunetón de desagüe en los km 213 y 214, presentada por Isidro Alcalde. (1913 enero 9/1913 enero 20)
54. Solicitud de cierre del patio de carros en la estación. (1913 septiembre 18/1913 noviembre 7)
55. Obras en la estación. (1915 junio 11/1915 agosto 9)
56. Obras en la cocina de la estación. (1916 junio 17/1916 julio 18)
57. Autorización para instalar una báscula, solicitada por la Compañía de Alcoholes. (1916 julio 31/1916 noviembre 2)
58. Autorización de paso directo al patio de mercancías de la estación, solicitada por la Sociedad General Azucarera. (1918 abril 26/1918 octubre 26)
59. Autorización para construir un chozo, solicitada por Pablo García García. (1919 diciembre 13/1919 diciembre 16)
60. Plano de situación de una casilla a construir en el km.217,918. (s.f.)

1. Proyecto de marquesina para los andenes de viajeros en las estaciones de Alcalá y Guadalajara. - Incluye: Memoria ; Planos y elevación de marquesinas ; Presupuesto. (1859 mayo 31/1860 agosto 31)
2. Pintura de faldones y frontones de muelles cubiertos en las estaciones de Alcalá y Guadalajara.- Incluye: Presupuesto. (1860 abril 12/1860 mayo 5)
3. Autorización para construir un muro de cerramiento en una finca, solicitada por Manuel y Rafael Bertrand. (1860 julio 14/1860 julio 30)
4. Quejas del Guarda Lucas Ruiz contra el Alcalde de Alcalá, por el poco respeto que se tiene a la policía de ferrocarriles, e incumplimiento de la Ley de Policía de Ferrocarriles. (1861 junio 24/1861 mayo 21)
5. Reclamación presentada por Pablo Soria y Ramón Múgica para que se le permita el paso de los carruajes al muelle de la estación. (1862 febrero 6/1862 febrero 27)
6. Construcción de caminos que comunican la ciudad con la estación. (1862 marzo 29/1862 abril 2)
7. Informe y presupuesto para el afirmado del muelle de la estación. (1862 diciembre 16/1862 diciembre 17)
8. Solicitud de indemnización por daños causados por el incendio ocurrido en la ciudad el 18 de julio de 1862, presentada por varios vecinos de Alcalá de Henares. (1863 julio 23/1863 agosto 22)
9. Autorización para construir una casa en terrenos lindantes a la estación, solicitada por Pedro Caramés. (1863 septiembre 18/1863 octubre 22)
10. Autorización para edificar en terrenos lindantes con el cerramiento de la estación, solicitada por Francisco Huertas. (1865 febrero 25)
11. Permuta de un terreno propiedad de la familia Bertrán de Lis, km 31, por otro propiedad de la Compañía, km 34. (1865 junio 7/1865 julio - )
12. Reparación del puente del Torote, km 29 de la línea. - Incluye: Plano del retranqueo del tramo y reparación de las pilas ; Contrato ; Presupuesto. (1868 junio 15/1878 enero 3)
13. Autorización para reconstruir una tapia en terrenos lindantes con el ferrocarril, solicitada por Marcelino Clós. - Incluye: Plano de situación. (1873 junio 7/1873 octubre 27)
14. Autorización para construir en terrenos fuera del perímetro de la estación, solicitada por Tomás Pérez. (1878 febrero 13)
15. Reparación del piso del muelle de mercancías. (1881 julio 12/1881 agosto 4)
16. Queja del Ayuntamiento a la Cía. por haber abierto dos zanjas cortando el paseo del Chorrillo, km 33 (1884 mayo 19/1884 mayo 30)
17. Proyecto de reforma de las marquesinas de las estaciones de Alcalá y Guadalajara. - Incluye: Plano. (1886 enero 27)
18. Proyecto de ampliación de vías y muelles en la estación. - Incluye: Plano. (1886 julio 13/1886 noviembre 24)
19. Reparación de los daños causados en las cubiertas del muelle de la estación. (1886 diciembre 16/1887 marzo 9)
20. Autorización para efectuar obras en terrenos lindantes al cerramiento de la estación, solicitada por Tomás Pérez Fernández. (1889 agosto 3/1889 agosto 17)
21. Solicitud para que se construya un cierre de tapia de la estación. (1889 mayo 1)
22. Solicitud para que se repare la sala de viajeros de la estación. ( 1889 julio 10/1889 julio 16)
23. Autorización para continuar la colocación de aceras en el trayecto que media entre la estación y el paso denominado "De la Estación", solicitada por el Ayuntamiento. (1890 marzo 3/1890 marzo 8)
24. Solicitud presentada por el Ayuntamiento a la Compañía para que ésta contribuya al arreglo del camino denominado de "Talamanca". (1891 enero 8/1892 enero 12)
25. Solicitud para que se ordene el cierre de la estación y se ordene a una persona el cuidado de las puertas de acceso a la misma. (1891 febrero 28/1891 mayo 3)
26. Autorización para ejecutar obras en el km 34, solicitada por la Comandancia de Ingenieros. (1891 mayo 12/1891 junio 24)
27. Solicitud de reemplazo de la plataforma de la vía muerta por otra de dos vías. (1891 junio 17/1891 septiembre 3 )
28. Instalación de una plataforma nueva de 4 m. en la vía del muelle de la estación. - Incluye: Presupuesto y relación de gastos. (1891 noviembre 25/1892 marzo 23)
29. Solicitud para que se repare el pavimento de la parte cubierta del muelle de mercancías con enlosado de piedra. (1893 mayo 8/1894 mayo 18)
30. Autorización para cerrar una tierra lindante con el paseo de la estación, solicitada por Soledad Arnesto y Campuzano. - Incluye: Croquis de situación(1893 diciembre 7/1893 diciembre 15)
31. Autorización para abrir una zanja para colocar una tubería en el km 34, solicitada por el Ayuntamiento. (1893 diciembre 22/1894 enero 3)
32. Solicitud para que se establezcan dos garitas de madera para guardagujas. (1895 junio 21/1895 diciembre 30)
33. Solicitud para que se traslade la casilla nº 18 del paso a nivel, km 33, para poder restaurar el muro de cerramiento del cementerio católico, presentada por el Ayuntamiento. - Incluye: Plano de situación (1896 febrero 1/1896 abril 6)
34. Construcción de un quiosco para la aguadora, solicitado por Adela Benet y Sanz. - Incluye: Plano del quiosco. (1898 febrero 10/1900 diciembre 20)
35. Autorización para cerrar una finca con una tapia, solicitada por Soledad Armesto. - Incluye: Planos de situación. (1899 septiembre 30/1903 julio 6)
36. Solicitud para cerrar con puertas las entradas de los pasillos que dan al vestíbulo del edificio de viajeros. (1899 noviembre 14/1900 enero 3)
37. Proyecto de cierre del muelle cubierto de la estación. - Incluye: Planos del proyecto ; Contratos ; Cuadro comparativo de las proposiciones presentadas ; Presupuesto ; (1900 marzo 28/1901 enero 3)
38. Proyecto de nueva distribución en la planta del edificio de viajeros. - Incluye: Planos del proyecto ; Plano de la estación ; Presupuesto ; Recortes de PRENSA (1900): La estación de Alcalá de Henares / R. Brigo En: El liberal, 12 de septiembre ; Heraldo de Aragón (Zaragoza), 10 de septiembre ; De Calatayud En: La Derecha (Zaragoza), 10 de septiembre ; Desde Alcalá / H. de A. En: Heraldo de Madrid, 12 de septiembre ; La estación de Alcalá / El Corresponsal En: La Correspondencia de España, 13 de septiembre ; Accidentes ferroviarios En: El liberal, 13 de septiembre ; Con retraso ; Compañía de ferrocarriles En: La Alianza Aragonesa, 11 de septiembre. (1900 marzo 28/1900 noviembre 22)
39. Autorización para levantar un piso en su casa lindante a la vía, solicitada por Tomás Ruiz. - Incluye: Plano de situación ; Plano de la fachada proyectada al patio de viajeros ; Plano de las fachadas a la plaza del Ferrocarril y a la calle de la Estación. (1900 febrero 13/1901 enero 3)
40. Solicitud de cesión de unas fajas de terreno propiedad de la Compañía para establecer dos caminos laterales entre el camino de Ajalvir y el paseo del Chorrillo, presentada por el Ayuntamiento. - Incluye: Plano y perfiles entre los km 32,139 y 32,591 ; Plano entre el camino de Ajalvir, km 32,139 y la estación(1900 diciembre 4/1901 marzo 4)
41. Proyecto de prolongación de andenes. - Incluye: Plano.(1901 febrero 19/1901 febrero 27)
42. Autorización para realizar obras en su casa, solicitada por la Confitería de Marón. - Incluye: Plano de situación. (1902 octubre 1/1903 marzo 3)
43. Relación de obras ejecutadas en los años 1900 a 1902. (1903 agosto 1)
44. Proyecto de ampliación y rectificación de vías y andenes. - Incluye: Plano de situación, plantas y alzado de la estación para del proyecto a fecha de 1903 (Escala 1:500); Plano de situación, plantas y alzado de la estación para del proyecto a fecha de 1904 (Escala 1:500) (ferroprusiato) (31 x 270 cm)*; Presupuesto. (1903 noviembre 5/1907 agosto 17)
45. Autorización para plantar olivos entre las estaciones de Alcalá y Meco solicitada por el Sr. Baüer y el Marqués de Luque. (1904 marzo 8/1904 marzo 31)
46. Autorización para cerrar con verja una huerta, solicitada por las Religiosas Adoratrices. - Incluye: Croquis de la tapia y situación ; Plano de situación. (1905 diciembre 21/1906 enero 31)
47. Proyecto de una vía de playa. - Incluye: Planos ; Presupuesto. (1906 enero 19/1907 junio 24)
48. Autorización para construir una tapia de cierre frente al km 33,500, solicitada por Ignacia Femández Martínez. - Incluye: Plano de situación. (1906 enero 22/1906 febrero 10)
49. Autorización para transitar con caballería por la cuneta de la vía entre el paso a nivel del km 32,866 y una finca privada, solicitada por Mariano Gallo Alcántara. (1906 abril 16/1906 junio 27)
50. Autorización para engalanar la entrada de la estación para las fiestas, solicitada por el Ayuntamiento. (1906 agosto 14/1906 agosto 21)
51. Solicitud de que se abra una salida de aguas en la tapia de la estación para evitar perjuicios a una finca, presentada por Tomás Ruiz. - Incluye: Plano de situación. (1906 noviembre 12/1907 mayo 22)
52. Autorización para instalar una garita de madera en el patio de viajeros, solicitada por el Ayuntamiento. - Incluye: Plano de situación. (1907 febrero 2/1907 marzo 5)
53. Autorización para depositar gratuitamente materiales para la construcción del salto de agua de Bolarque en las estaciones de Alcalá, Guadalajara y Vellisca, solicitada por Estanislao Urquijo. - Incluye: Plano de situación en la estación de Vellisca ; Plano de la estación de Vellisca con emplazamiento. (1907 abril 16/1907 octubre 2)

Serie: U. (1880 febrero 5/1880 diciembre 15)
Serie V. (1881 enero 21/1881 noviembre 29)
Serie X. (1882 marzo 6/ 1882 diciembre 5)
Serie Z. (1883 enero 24/ 1883 diciembre 15)

Serie: AA. (1884 enero 9/1884 noviembre 15)
Serie AB. (1885 enero 8/1885 mayo 26)
Serie AC. (1886 enero 20/1886 diciembre 27)

Serie AD. (1887 enero 10/1887 diciembre 21)
Serie AE. (1888 enero 10/1888 diciembre 1)
. -Incluye: Contrato AE núm. 29 con Juan Germán de Filiquier para la concesión del café-restaurant-cantina de la estación de Príncipe Pío el 25 de mayo de 1888.

Serie AJ. (1893 enero 2/1893 noviembre 29)

Serie: AK. (1893 diciembre 26/1894 noviembre 9)