1. Carriles y accesorios de Alicante a Madrid
2. Carriles para el ferrocarril del Tajuña
3. Carriles de Irún a Cáceres
4. Carriles asimilación a hierro en bruto
5. Carriles armados, vía Decauville
6. Carriles viejos de Alicante a la frontera de Portbou
7. Carrilesde Sagunto a Madrid
8. Carriles usados de Baeza a Torrejón de Ardoz
9. Carriles de Sagunto a Cuenca para el ferrocarril de Utiel a Cuenca
10. Carriles viejos, inútiles de Madrid-Atocha a Almorchón

1. Estadísticas sobre expediciones de minerales en estaciones
2. Estadísticas de frutas y hortalizas llegadas a Madrid en el año 1907
3. Estadísticas de movimiento de viajeros en la estación de Madrid-Atocha desde 1906 a 1909
4. Estadísticas de vinos llegados a Madrid en el año 1911
5. Estadísticas sobre el tráfico de mercancías y de viajeros en la estación de Linares durante el año 1912
6. Estadísticas sobre productos obtenidos por la Compañía en los años 1919 y 1920
7. Número de viajeros llegados a Sevilla durante el año 1925, procedentes de Madrid y Córdoba
8. Estadísticas sobre el número de viajeros que cruzaron la frontera de Portbou durante el año 1928

1. Correspondencia y demás documentación relativa a las órdenes de Dirección nº 186 de 29 de enero de 1904 y nº 188, y adiciones. (1888 junio 28/1904 marzo 14)
2. Correspondencia y demás documentación relativa a los transportes de servicio realizados, por cuenta de las minas de la Compañía. (1906 octubre 6/1907 marzo 30)
3. Correspondencia y demás documentación variada relativa a los transportes de servicio realizados por cuenta de la Compañía. (1906 octubre 16/1942 abril 27)
4. Correspondencia y demás documentación relativa al transporte de ladrillos para el 4º edificio desde Villaverde (MCP) a Madrid - Atocha. (1916 mayo 26/1916 junio 13)
5. Correspondencia y demás documentación relativa al transporte de las expediciones PV números 1924 y 1925 de Jódar a Tarancón, compuesta cada una, de una excavadora, cargadas en los vagones Q.Q. 535 y 598 y consignadas al ferrocarril de Tarancón-Torrejón (Ferrocarril de los 40 días o Vía Negrín). (1937 julio 15/1937 noviembre 27)
6. Correspondencia y demás documentación relativa a la petición de la Compañía del Norte, para que se aplique la tarifa de servicio en MZA al transporte de impresos de la "Casa Hijos de E. Minuesa". (1939 mayo 30/1941 julio 31)
7. Correspondencia y demás documentación relativa a la aplicación de tarifa de servicio a las mercancías de otras zonas que circulen en tránsito por la de MZA. (1941junio 18/1941 octubre 15)

Incluye estadísticas

0. Indíce de expedientes.
1. Arrendamientos de terrenos para almacenes y depósitos en la estación, solicitados por Vicente Vázquez Queipo, Martín Larios, Cecilio Gurrea, Antonio Aisa, Eugenio Dubois y Briavoine, Cosme Gil, Hijos de Rodiles, Manuel Ortíz de Pinedo, Nicolás del Río, Pedro Pagany y Rafael Gustavino. (1869 diciembre 9/1885 diciembre 31)
2. Arrendamientos de terrenos para almacenes y depósitos en la estación, solicitados por los Sres. José Bona, Moreno, Caja, Antonio González, Ernesto Romá, Marcial Martínez, Sobrino de Ormaechea, Bernardina Fernández, Onofre Jordán, Manuel Ortíz de Pinedo, Esteban M. Díaz y José Martínez. - Incluye: Planos. (1880 marzo 12/1889 mayo 21)
3. Ofrecimientos de venta de terrenos a la Compañía próximos a la estación, presentados por particulares. - Incluye: Planos. (1882 Marzo 2/1884 octubre 11)
4. Reclamación de indemnización por perjuicios en terreno de su propiedad, presentada por Ramón Michelena. (1882 julio 21/1883 julio 3)
5. Compra de terreno en el Cerro de la Plata a los Sres. Murcia. (1884 julio 4)
6. Cerramiento de terrenos de la Compañía en la estación. (1885 febrero 24/1885 marzo 12)
7. Quejas contra los ingenieros militares por haber construido en terrenos de la Compañía. (1885 marzo 5)
8. Señalamiento con estacas de los nuevos terrenos que se han de ceder a los particulares en la estación. - Incluye: Plano. (1886 febrero 8/1889 abril 1)
9. Deslinde de terrenos en la estación. - Incluye: Relación de los expedientes de terrenos. (1889 junio 28)

1. Obras de reparación y mejora en el Despacho Central de la Compañía. (1892 julio 30/1912 abril 25)
2. Proyecto de reforma de la Casa de la Parra. (1897 mayo 7/1912 junio 14)
3. Obras de reparación y mejora en la estación. (1898 octubre 17/1912 noviembre 5)
4. Obras de reforma en el Taller de Litografía de la estación. (1900 septiembre 3/1912 agosto 3)
5. Proyecto de Talleres y Almacén de la Sección de Vía y Obras. (1906 mayo 26/1911 julio 7)
6. Demolición del Depósito de Máquinas de la estación. (1907 diciembre 28/1910 diciembre 2)
7. Proyecto de ampliación de muelles. (1910 abril 6/1911 junio 28)
8. Ofrecimiento de venta de una casa en la calle Méndez Álvaro, presentado por Antonio Martín. (1910 noviembre 22/1910 diciembre 15)
9. Proyecto de cochera y vías para depósito de carruajes. (191.0 diciembre 22/1911 noviembre 16)
10. Desviación de la estancia en la nave de la estación de las máquinas que llegan con los trenes ascendentes. (1911 julio 3/1911 julio 21)
11. Autorización para reparar el local del servicio de reconocimiento de coches en la estación, solicitada por el Ayuntamiento.
    (1911 julio 10/1911 agosto 8)
12. Proyecto de oficina para la Sección de Vía y Obras, adaptado al del cuarto edificio. (1912 octubre 2/1912 diciembre 10)

1. Proyecto de muelles de mercancías y almacenes en el Cerro de la Plata. (1893 abril 4/1912 marzo 16).
2. Construcción de cuatro muelles cerrados y dos descubiertos en el Cerro de la Plata. (1904 enero 4/1906 enero 17).
3. Proyecto de ampliación de vías y muelles. en el Cerro de la Plata. (1905 marzo 30/1906 junio 18).

1. Construcción de un muro de cerca en los Talleres Generales de la estación. (1891 abril 13/1897 mayo 21)
2. Construcción de un muro de sostenimiento en los límites de los terrenos de la Compañía con el de la finca de los Sres. Serrano Cuéllar, ante las reclamaciones de éstos. (1891 mayo 18/1896 noviembre 14)
3. Obras de reparación y mejora en la estación. (1894 junio 6/1900 junio 19)
4. Solicitud de préstamo de una machina con accesorios para el traslado de las fuentes de La Cibeles y Neptuno, presentada por el Ayuntamiento. (1894 noviembre 9/1898 abril 8)
5. Proyecto de reconstrucción de la cubierta y frentes laterales de la cochera de máquinas de la estación. (1896 junio 20/1898 marzo 21)
6. Orden de la Tenencia de Alcaldía del distrito de Hospital para que los propietarios de la calle Méndez Álvaro presenten los planos de las fincas que deben ser expropiadas. (1896 julio 16/1896 agosto 13)
7. Proyecto de urinarios para los patios de llegada y salida de viajeros de la estación. (1896 septiembre 10/1897 abril 28)
8. Petición de la Compañía al Ayuntamiento de un cilindro compresor de vapor para el afirmado del camino de "Las Campanillas". (1896 octubre 12/1896 octubre 26)
9. Establecimiento de refugios para peatones y farolas de iluminación en la Glorieta de Atocha. (1896 noviembre 27/1899 noviembre 21)
10. Incumplimiento del Reglamento de patios de la estación de Atocha, aprobado por R.O. de 23 de octubre de 1894. (1896 diciembre 31/1897 enero 8)
11. Solicitud para que se cubra la tajea de desagüe de la calle Méndez Álvaro al Arroyo Carcabón, presentada por el Ayuntamiento. (1897 enero 20/1897 julio 22)
12. Proyecto de ampliación del Taller de fundición de la estación. (1897 mayo 4/1899 agosto 3)
13. Solicitud de un local para venta de prensa en el vestíbulo de la estación, presentada por el director de "El Imparcial". (1898 junio 15)
14. Proyecto de ampliación del Taller de Montaje de la estación. (1898 septiembre 7/1899 abril 22)
15. Solicitud para que se modifiquen las redes de desagüe de los edificios de la Compañía, presentada por el Ayuntamiento. (1898 octubre 10/1898 octubre 25)
16. Proyecto de retretes de hierro para Talleres Generales. (1898 diciembre 14/1899 marzo 28)