1. Proyecto de marquesina para los andenes de viajeros en las estaciones de Alcalá y Guadalajara. - Incluye: Memoria ; Planos y elevación de marquesinas ; Presupuesto. (1859 mayo 31/1860 agosto 31)
2. Pintura de faldones y frontones de muelles cubiertos en las estaciones de Alcalá y Guadalajara.- Incluye: Presupuesto. (1860 abril 12/1860 mayo 5)
3. Autorización para construir un muro de cerramiento en una finca, solicitada por Manuel y Rafael Bertrand. (1860 julio 14/1860 julio 30)
4. Quejas del Guarda Lucas Ruiz contra el Alcalde de Alcalá, por el poco respeto que se tiene a la policía de ferrocarriles, e incumplimiento de la Ley de Policía de Ferrocarriles. (1861 junio 24/1861 mayo 21)
5. Reclamación presentada por Pablo Soria y Ramón Múgica para que se le permita el paso de los carruajes al muelle de la estación. (1862 febrero 6/1862 febrero 27)
6. Construcción de caminos que comunican la ciudad con la estación. (1862 marzo 29/1862 abril 2)
7. Informe y presupuesto para el afirmado del muelle de la estación. (1862 diciembre 16/1862 diciembre 17)
8. Solicitud de indemnización por daños causados por el incendio ocurrido en la ciudad el 18 de julio de 1862, presentada por varios vecinos de Alcalá de Henares. (1863 julio 23/1863 agosto 22)
9. Autorización para construir una casa en terrenos lindantes a la estación, solicitada por Pedro Caramés. (1863 septiembre 18/1863 octubre 22)
10. Autorización para edificar en terrenos lindantes con el cerramiento de la estación, solicitada por Francisco Huertas. (1865 febrero 25)
11. Permuta de un terreno propiedad de la familia Bertrán de Lis, km 31, por otro propiedad de la Compañía, km 34. (1865 junio 7/1865 julio - )
12. Reparación del puente del Torote, km 29 de la línea. - Incluye: Plano del retranqueo del tramo y reparación de las pilas ; Contrato ; Presupuesto. (1868 junio 15/1878 enero 3)
13. Autorización para reconstruir una tapia en terrenos lindantes con el ferrocarril, solicitada por Marcelino Clós. - Incluye: Plano de situación. (1873 junio 7/1873 octubre 27)
14. Autorización para construir en terrenos fuera del perímetro de la estación, solicitada por Tomás Pérez. (1878 febrero 13)
15. Reparación del piso del muelle de mercancías. (1881 julio 12/1881 agosto 4)
16. Queja del Ayuntamiento a la Cía. por haber abierto dos zanjas cortando el paseo del Chorrillo, km 33 (1884 mayo 19/1884 mayo 30)
17. Proyecto de reforma de las marquesinas de las estaciones de Alcalá y Guadalajara. - Incluye: Plano. (1886 enero 27)
18. Proyecto de ampliación de vías y muelles en la estación. - Incluye: Plano. (1886 julio 13/1886 noviembre 24)
19. Reparación de los daños causados en las cubiertas del muelle de la estación. (1886 diciembre 16/1887 marzo 9)
20. Autorización para efectuar obras en terrenos lindantes al cerramiento de la estación, solicitada por Tomás Pérez Fernández. (1889 agosto 3/1889 agosto 17)
21. Solicitud para que se construya un cierre de tapia de la estación. (1889 mayo 1)
22. Solicitud para que se repare la sala de viajeros de la estación. ( 1889 julio 10/1889 julio 16)
23. Autorización para continuar la colocación de aceras en el trayecto que media entre la estación y el paso denominado "De la Estación", solicitada por el Ayuntamiento. (1890 marzo 3/1890 marzo 8)
24. Solicitud presentada por el Ayuntamiento a la Compañía para que ésta contribuya al arreglo del camino denominado de "Talamanca". (1891 enero 8/1892 enero 12)
25. Solicitud para que se ordene el cierre de la estación y se ordene a una persona el cuidado de las puertas de acceso a la misma. (1891 febrero 28/1891 mayo 3)
26. Autorización para ejecutar obras en el km 34, solicitada por la Comandancia de Ingenieros. (1891 mayo 12/1891 junio 24)
27. Solicitud de reemplazo de la plataforma de la vía muerta por otra de dos vías. (1891 junio 17/1891 septiembre 3 )
28. Instalación de una plataforma nueva de 4 m. en la vía del muelle de la estación. - Incluye: Presupuesto y relación de gastos. (1891 noviembre 25/1892 marzo 23)
29. Solicitud para que se repare el pavimento de la parte cubierta del muelle de mercancías con enlosado de piedra. (1893 mayo 8/1894 mayo 18)
30. Autorización para cerrar una tierra lindante con el paseo de la estación, solicitada por Soledad Arnesto y Campuzano. - Incluye: Croquis de situación(1893 diciembre 7/1893 diciembre 15)
31. Autorización para abrir una zanja para colocar una tubería en el km 34, solicitada por el Ayuntamiento. (1893 diciembre 22/1894 enero 3)
32. Solicitud para que se establezcan dos garitas de madera para guardagujas. (1895 junio 21/1895 diciembre 30)
33. Solicitud para que se traslade la casilla nº 18 del paso a nivel, km 33, para poder restaurar el muro de cerramiento del cementerio católico, presentada por el Ayuntamiento. - Incluye: Plano de situación (1896 febrero 1/1896 abril 6)
34. Construcción de un quiosco para la aguadora, solicitado por Adela Benet y Sanz. - Incluye: Plano del quiosco. (1898 febrero 10/1900 diciembre 20)
35. Autorización para cerrar una finca con una tapia, solicitada por Soledad Armesto. - Incluye: Planos de situación. (1899 septiembre 30/1903 julio 6)
36. Solicitud para cerrar con puertas las entradas de los pasillos que dan al vestíbulo del edificio de viajeros. (1899 noviembre 14/1900 enero 3)
37. Proyecto de cierre del muelle cubierto de la estación. - Incluye: Planos del proyecto ; Contratos ; Cuadro comparativo de las proposiciones presentadas ; Presupuesto ; (1900 marzo 28/1901 enero 3)
38. Proyecto de nueva distribución en la planta del edificio de viajeros. - Incluye: Planos del proyecto ; Plano de la estación ; Presupuesto ; Recortes de PRENSA (1900): La estación de Alcalá de Henares / R. Brigo En: El liberal, 12 de septiembre ; Heraldo de Aragón (Zaragoza), 10 de septiembre ; De Calatayud En: La Derecha (Zaragoza), 10 de septiembre ; Desde Alcalá / H. de A. En: Heraldo de Madrid, 12 de septiembre ; La estación de Alcalá / El Corresponsal En: La Correspondencia de España, 13 de septiembre ; Accidentes ferroviarios En: El liberal, 13 de septiembre ; Con retraso ; Compañía de ferrocarriles En: La Alianza Aragonesa, 11 de septiembre. (1900 marzo 28/1900 noviembre 22)
39. Autorización para levantar un piso en su casa lindante a la vía, solicitada por Tomás Ruiz. - Incluye: Plano de situación ; Plano de la fachada proyectada al patio de viajeros ; Plano de las fachadas a la plaza del Ferrocarril y a la calle de la Estación. (1900 febrero 13/1901 enero 3)
40. Solicitud de cesión de unas fajas de terreno propiedad de la Compañía para establecer dos caminos laterales entre el camino de Ajalvir y el paseo del Chorrillo, presentada por el Ayuntamiento. - Incluye: Plano y perfiles entre los km 32,139 y 32,591 ; Plano entre el camino de Ajalvir, km 32,139 y la estación(1900 diciembre 4/1901 marzo 4)
41. Proyecto de prolongación de andenes. - Incluye: Plano.(1901 febrero 19/1901 febrero 27)
42. Autorización para realizar obras en su casa, solicitada por la Confitería de Marón. - Incluye: Plano de situación. (1902 octubre 1/1903 marzo 3)
43. Relación de obras ejecutadas en los años 1900 a 1902. (1903 agosto 1)
44. Proyecto de ampliación y rectificación de vías y andenes. - Incluye: Plano de situación, plantas y alzado de la estación para del proyecto a fecha de 1903 (Escala 1:500); Plano de situación, plantas y alzado de la estación para del proyecto a fecha de 1904 (Escala 1:500) (ferroprusiato) (31 x 270 cm)*; Presupuesto. (1903 noviembre 5/1907 agosto 17)
45. Autorización para plantar olivos entre las estaciones de Alcalá y Meco solicitada por el Sr. Baüer y el Marqués de Luque. (1904 marzo 8/1904 marzo 31)
46. Autorización para cerrar con verja una huerta, solicitada por las Religiosas Adoratrices. - Incluye: Croquis de la tapia y situación ; Plano de situación. (1905 diciembre 21/1906 enero 31)
47. Proyecto de una vía de playa. - Incluye: Planos ; Presupuesto. (1906 enero 19/1907 junio 24)
48. Autorización para construir una tapia de cierre frente al km 33,500, solicitada por Ignacia Femández Martínez. - Incluye: Plano de situación. (1906 enero 22/1906 febrero 10)
49. Autorización para transitar con caballería por la cuneta de la vía entre el paso a nivel del km 32,866 y una finca privada, solicitada por Mariano Gallo Alcántara. (1906 abril 16/1906 junio 27)
50. Autorización para engalanar la entrada de la estación para las fiestas, solicitada por el Ayuntamiento. (1906 agosto 14/1906 agosto 21)
51. Solicitud de que se abra una salida de aguas en la tapia de la estación para evitar perjuicios a una finca, presentada por Tomás Ruiz. - Incluye: Plano de situación. (1906 noviembre 12/1907 mayo 22)
52. Autorización para instalar una garita de madera en el patio de viajeros, solicitada por el Ayuntamiento. - Incluye: Plano de situación. (1907 febrero 2/1907 marzo 5)
53. Autorización para depositar gratuitamente materiales para la construcción del salto de agua de Bolarque en las estaciones de Alcalá, Guadalajara y Vellisca, solicitada por Estanislao Urquijo. - Incluye: Plano de situación en la estación de Vellisca ; Plano de la estación de Vellisca con emplazamiento. (1907 abril 16/1907 octubre 2)

1. Medidas para el personal de telégrafos. (1864 septiembre 14/1864 septiembre 15)
2. Establecimiento de una línea telegráfica subterránea desde la estación hasta el arroyo Abroñigal. (1878 marzo 22/1878 marzo 27)
3. Instalación de cables telegráficos subterráneos desde la caseta de amarre en la estación hasta el arroyo Abroñigal. (1880 marzo 5/1880 abril 7)
4. Autorización para establecer un ramal telegráfico junto a la vía férrea en el trayecto entre las estaciones y el puente del arroyo Abroñigal, solicitada por el Jefe del Centro y Sección del Cuerpo de Telégrafos de Madrid. (1884 marzo 19/1884 marzo 22)
5. Obras de instalación y ampliación del servicio telefónico y alumbrado. (1885 mayo 16/1930 octubre 4)
   Autorización para la realización de pequeñas obras, solicitada por el Cuerpo de Telégrafos.
6. Instalación de un teléfono en el domicilio del Asentador. (1899 noviembre 3/1899 noviembre 8)
7. Instalación de un teléfono en la estafeta de la estación. (1901 septiembre 17)
8. Instalación de un teléfono, sin autorización, en el terreno que tiene arrendado a la Compañía Manuel Poyales. (1902 noviembre 4/1903 febrero 4)
9. Instalación de central telefónica para el servicio de oficinas. (1904 marzo 30/1910 enero 14)
10. Autorización para trasladar su teléfono al nuevo almacén de Cerro de la Plata, solicitada por Felipe Ruano. (1904 mayo 11/1904 agosto 30)
11. Autorización para realizar pequeñas obras de instalación, solicitada por la Sociedad de Electricidad del Pacífico. (1905 mayo 30/1905 junio 13)
12. Proyecto de red aérea sobre postes de hierro para transporte de energía eléctrica de la fábrica de la Sociedad de Gasificación Industrial a la central de la estación, y Contrato con la Sociedad Anónima "Unión Eléctrica Madrileña" para el suministro de energía eléctrica con destino a las dependencias de la estación. (1905 agosto 8/1912 julio 31)
13. Autorización para cruzar la línea de Madrid a Alicante en los km 1,337, 1,599 Y 6,257 y la de Madrid a Zaragoza en el km 7,149, solicitada por la Sociedad de Gasificación Industrial. (1905 agosto 10/1906 mayo 29)
14. Autorización para cruzar con cable subterráneo por debajo del Pontón de la Abadía, la línea férrea, solicitada por la Sociedad de Gasificación Industrial.(1906 marzo 28/1916 junio 10)
15. Autorización para cruzar, por debajo del puente sobre el Abroñigal, las vías de la Compañía, solicitada por la Sociedad de Gasificación Industrial. (1906 marzo 28/1908 mayo 7)
16. Autorización para realizar pequeñas obras, solicitada por el Cuerpo de Ingenieros Militares. (1906 julio 4/1906 julio 28)
17. Autorización para ténder una línea aérea de transporte de energía eléctrica en terreno de la Compañía, solicitada por la Sociedad "Hidráulica Santillana". (1907 diciembre 16/1914 marzo 25)
18. Cruce de línea de conducción de energía eléctrica en los muelles de la estación del Cerro de la Plata, solicitada por José Santos Silva. (1908 abril 2/1908 abril 4)
19. Autorización para ténder línea que cruce por terrenos de la Compañía, solicitada por la Sociedad de Electricidad del Barrio de la Nueva Numancia. (1908 mayo 14/1909 mayo 26)
20. Autorización para cruzar la línea, en el km 4,906 con una línea de conducción de energía eléctrica, solicitada por la Sociedad Hidroeléctrica Española. (1908 noviembre 25/1922 marzo 24)
21. Autorización para el cruce de la línea en el km 2, concedida a Juan Ros y Álvarez del Real, y transferida a Estanislao Urquijo. (1909 mayo 22/1916 diciembre 14)
22. Autorización para realizar obras necesarias para la instalación de luz eléctrica, solicitada por Vicente Rubio. (1910 octubre 2/1912 mayo 30)
23. Solicitud para instalar tres focos eléctricos en el solar contiguo a la estación de Atocha, presentada por varios operarios de talleres. (1911 agosto 16/1912 septiembre 3)
24. Contrato entre la Compañía y la Unión Eléctrica Madrileña para el suministro de energía eléctrica, y modificación del cruce de las dos líneas aéreas de 50.000 voltios, en el puente de los Tres Ojos. (1913 enero 16/1929 abril 16)
25. Reclamación de abono de perjuicios presentada por el "Sociedad Tranvía del Este de Madrid". (1913 febrero 11/1913 febrero 24)
26. Autorización para la instalación de un teléfono en el depósito de los Hijos de Justo Vilar, situado en el Cerro de la Plata. (1917 mayo 10)
27. Contrato entre la Compañía y la Sdad. "Unión Eléctrica Madrileña” para el establecimiento de una línea eléctrica, y realizar obras en las inmediaciones de la estación de las Delicias. (1918 febrero 4/1918 abril 26)
28. Autorización para atravesar la línea con otra de energía eléctrica para alumbrado del barrio Madrid Moderno, solicitada por el Marqués de Santa María de Silvela. (1919 junio 21/1919 junio 26)
29. Autorización para instalar un teléfono en el Cerro de la Plata. solicitada por el Banco Industrial de Transportes. (1919 agosto 25)
30. Contrato celebrado entre la Compañía y la Sociedad Unión Eléctrica Madrileña para ténder una línea eléctrica subterránea en el Cerro de la Plata. (1921 junio 2/1923 abril 30)
31. Autorización para cruzar la vía férrea de circunvalación por el km 2,700 con una línea eléctrica, solicitada por la Sociedad Anónima Unión Eléctrica Madrileña. (1925 noviembre 23/1926 enero 8)
32. Autorización para cruzar el ramal de circunvalación por el km 0,750 con una línea eléctrica, solicitada por la Sociedad Anónima Hidroeléctrica Española. (1928 agosto 3/1929 marzo 25)
33. Instalación de línea aérea de transporte de energía eléctrica que cruzará la vía férrea del Ramal de la estación de clasificación de Madrid a la estación de Delicias, solicitada por la Sociedad Unión Eléctrica Madrileña. (1929 enero 25/1929 febrero 11)
34. Instalación de una línea eléctrica desde la subestación del Cerro de la Plata a la caseta de transformación frente a la estación de Villaverde, solicitada por la Sociedad Unión Eléctrica Madrileña. (1929 diciembre 11/1930 enero 21)
35. Autorización para establecer un cruce subterráneo de energía eléctrica en el km 2.234,73 de la línea, solicitada por la Sociedad Hidroeléctrica Española. (1930 mayo 14/1930 octubre 31)

• El Consejo de la Compañía delega en el Sr. Marques de Urquijo, administrador, y en el Director de la misma para realizar el segundo pago por la compra de las minas de Guadalquivir, al Sr. Saturnino Fernández y González, y concurriendo al otorgamiento de la escritura y firma. pp. 33-34

-Tras la gestión de venta de la locomotora nº 9 al Sr. Romá por el precio a pagar en carbón de la mina de la Luz y, debido a modificaciones sociales producidas en esta mina que imposibilitan el pago en esta forma, el Sr. Romá propone el pago de igual forma con carbón procedente de la mina Santa Isabel, de Belmez, de superior calidad, al precio que la Compañía, en vista de los ensayos realizados, con el combustible considere. La Compañía confirma el mayor poder calorífico de esta última, y confiere un precio mayor a la tonelada (precio devolución) que con el carbón inicial. pp. 35-36

• Se rebaja el precio de los billetes a la mitad para 26 individuos de la "Nueva Estudiantina Española" que lo habían solicitado para un viaje de Madrid a Murcia, Cartagena hasta La Encina. pp. 32-33

• Por la urgencia de proceder al replanteo y parcelación de la línea de Valsequillo se decide encargar el asunto al oficial del cuerpo de Estado Mayor Luis de Torres Quevedo, por un sueldo semejante al de un empleado permanente, durante el tiempo que preste sus servicios. Se programa que el replanteo y parcelación podrá durar un plazo aproximado de cuatro meses. pp. 36

• El Consejo autoriza el abono de medio sueldo durante seis meses a un maquinista que quedó malherido por un descarrilamiento. Tras este periodo el Consejo decidirá tras conocer el estado del empleado. p. 37

• El Consejo se entera de la concesión del ferrocarril de Valladolid a Ariza a la Compañía; tras oír ciertas alegaciones, la Compañía considera que no puede ocuparse de esta concesión. p. 39